العصر الأيوبي :
• جرى ترخيم أركان قبة النسر على أثر حريق سنة 575هــ / 1179م في عهد السلطان صلاح الدين الأيوبي.
• في عام 597هــ / 1200م سقط جانب المنارة الشرقية وعدد من الشرافات وتشققت قبة النسر إثر زلزال .
• وفي عام 598هــ / 1201م سقطت رؤوس المنائر وبعض الشرافات من الشمال على أثر زلزال .
• وفي سنة 606هــ / 1209م جرى تبليط الحرم والصحن واكتمل سنة 614هــ/ 1217م في عهد الملك العادل أبي بكر أخي السلطان صلاح الدين .
• كما صفح باب البريد بالنحاس سنة 607هــ / 1210م.
• وجرى ترميم وتكليس الحنايا والمقاصير في عهد الملك الأشرف موسى بن الملك العادل .
• سنة 646 هــ / 1248م جرى ترميم المئذنة الشرقية وإعادة سلمها الخشبي بعد احتراقها في عهد ابنه الملك الصالح نجم الدين .