تقع المدرسة الخانقية في مدينة دمشق خارج أسوارها الجنوبية , في منطقة ميدان حقلة ، شمالي جامع وتربة الأمير تـنبك ، ويطلّ مدخلها الغربي على شارع الميدان الرئيسي.

والمدرسة مشيّدة مملوكية ، تتألف من ثلاث قاعات : قاعة مركزية ، وقاعة جنوبية جُعلت مسجداً ، وقاعة شمالية جُعلت كُتّاباً.

يُدخل إلى المدرسة من مدخلها الغربي المعقود بعقد وتري ، والمبنية واجهته من مداميك الحجر البازلتي الأسود ، وهو يحتوي على باب ذي مصراعين يفتح على دهليز مفتوح طويل يؤدي في نهايته إلى مدخل ذي واجهة حجرية كلسية يحتوي على بابٍ حديث خشبي بزخارف هندسية يفضي إلى القاعة المركزية التي كان ينصّفها بركة مياه حجريةٍ ضخمة ، تغطّيها قبوة متقاطعة ترتكز على منتصف زوايا جدران القاعة ينصّفها قبّة رقبتها ذات مسقط مثمن ، وهي عالية الأركان تحوي ثمانية شبابيك مرتفعة للإنارة والتهوئة ، وقد زالت القبة واستبدلت بسقفٍ خشبي مستوٍ. وأما جدران القاعة المركزية فهي كمثيلاتها في القاعتين الأخريتين مبنية من مداميك الحجر الكلسي الطحيني حتى مستوى بداية العقود ، والجزء العلوي مغطىً باللياسة والكلسة التقليدية. ويتخلّل الجدران الحجرية مشاكي متناظرة ومتماثلة ومعقودة بعقدٍ نصف دائري. وينصّف الجدار الشرقي لهذه القاعة باب خشبي ذي مصراعين معقودٍ بعقدٍ وتريٍ يؤدي إلى الميضأة والمطهرة. وأما الجدار الشمالي فينصّفه باب خشبي ذي مصراعين وساكف حجري داخلي مستقيم يفتح على قاعة الكتّاب الشمالية التي كانت مغطاةً بقبة ، يُنصّف واجهتها الجنوبية باب معدني حديث ذي مصراعين معقودٍ بعقدٍ وتري، أضحى هو المدخل الشمالي للمدرسة.

وتفتح القاعة المركزية بكامل واجهتها الجنوبية على المسجد عبر عقد حجري أبلقٍ مدبّبٍ ومرتفع. وحرم المسجد ذي مسقطٍ مستطيلٍ يتألّف من أربع بوائك شبه متماثلة ذات عقود حجرية –سبق وصفها- ترتكز على الجدارين الشرقي والغربي : فأمّا البائكة الشمالية الأولى فهي مغطّاة بسقفٍ خشبيٍ مستوٍ وتحوي جدرانها الشرقية والغربية على مشاكي حجرية متناظرة ومتماثلة. وأما البائكة الثانية فهي كانت مغطّاة بقبّة استُبدلت بسقف خشبي ذا قفّاعة فُتحت في جدرانها أربعة شبابيك للإنارة والتهوئة.