تم تشكيل مكتب المساجد والمباني الوقفية الأثرية بموجب الأمر الإداري رقم 81 بتاريخ 31 / 12 / 2008 .
ومن مهامه الأمور التالية :
1- التوثيق والأرشفة الكاملة لكافة المساجد والمباني الوقفية الأثرية .
2 - الرفع والتصوير ورسم المخططات وإعداد التقارير الفنية اللازمة للترميم وإعداد الدراسة الهندسية الشاملة لتوسعة المباني الوقفية الأثرية مع مراعاة الطراز المعماري وتصديقها أصولا ً .
3- متابعة وإنجاز جميع المعاملات المتعلقة بصيانة وترميم وتوسعة جميع المساجد والمباني الأثرية ، وإيجاد حلول للمشاكل الضرورية والإشراف على تنفيذها .
4- الاستحصال على الموافقات الرسمية لأعمال الترميم والتوسعة من الجهات العامة المختصة ، واستصدار الموافقة الرسمية النهائية وأوامر المباشرة لجميع أعمال الترميم والتوسعة .
5- الإشراف اليومي والدوري على أعمال الترميم والصيانة والتوسعة .
6- تهيئة المكتب ليكون نواة تأسيس لمكاتب مماثلة في كافة مديريات المحافظات .
7- السعي الجدي والقانوني لاسترجاع جميع العقارات والمباني الوقفية الأثرية المختلسة بدون أي مستند قانوني ، والسعي الحثيث لإخلاء المساجد ودور القرآن والمدارس الأثرية والأضرحة والزوايا وكل ما بحكمها من الإشغالات بدون أي مستند قانوني من أجل إعادتها لوظيفتها الأساسية قدر الإمكان ، والعمل على إزالة التعديات كافة بالتعاون مع محافظة دمشق .
8- الإشراف على حسن تنفيذ بنود وثيقة الحفاظ على المساجد والمباني الوقفية الأثرية .
9- إعداد دراسات وأبحاث مختلفة تتعلق بالمباني الوقفية الأثرية كالسياحة الدينية والمساجد المندثرة واستثمار العقارات الوقفية وغيرها .
10- إعداد تقرير شامل عن أعمال المكتب يصدر سنوياً مع تنظيم ندوة عامة لعرض هذه الأعمال في مدرج مكتبة الأسد الوطنية .